Perl+scripts


 * Short script to cut names of fasta files**

use Bio::SeqIO;
 * 1) !/usr/bin/perl

print 'Usage: perl fasCut.pl inFile outFile', "\n" if @ARGV < 2; exit if @ARGV < 2;

$inFile = $ARGV[0];
 * 1) Archivo de entrada

$outFile = $ARGV[1];
 * 1) Archivo de salida

my $inSeq = Bio::SeqIO->new( -file => "$inFile", #Aquí va el nombre del archivo de entrada -format => 'fasta' #Aquí va el formato de la secuencia de entrada (genbank, fasta) );
 * 1) Creamos el objeto secuencia de entrada

my $outSeq = Bio::SeqIO->new( -file => ">$outFile",#Aquí va el nombre del archivo de salida -format => 'fasta'#Aquí va el formato de la secuencia de salida (genbank, fasta) );
 * 1) Creamos el objeto secuencia de salida

while ( $seq = $inSeq->next_seq ) {
 * 1) Miramos una secuencia tra otra del archivo de entrada


 * 1) Como queremos que tenga un header especial tenemos que crear un objeto secuencia
 * 2) nuevo, donde el display id sea la descripción del fasta ( nombre_chungo )

@dsFields = split /\|/, $seq->display_id; $tSeq = Bio::Seq->new( -seq => $seq->seq, -display_id => $dsFields[3], -desc => '', -alphabet => "dna" );

$outSeq->write_seq($tSeq);
 * 1) escribimos la secuencia de salida

}